国立遺伝学研究所 ゲノム多様性研究室

マイクロバイオームの解析ツールの開発 Bioinformatics tool development for the microbiome research

微生物群集の16S rRNA遺伝子のアンプリコン解析やショットガンメタゲノム解析で有用なバイオインフォマティクスツールや大規模解析パイプラインを開発し、より正確で高速なマイクロバイオーム解析を可能にします。
We are developing bioinformatics tools and large-scale analysis pipelines for the 16S rRNA gene amplicon sequencing analysis and the shotgun metagenomic sequencing analysis of microbial communities, enabling more accurate and faster microbiome analyses.

PZLAST: ショットガンメタゲノム相手の高速な配列類似性検索が可能なWebサーバ [プレスリリース]
VITCOMIC2: 細菌群集のショットガン・アンプリコンの手軽な系統組成推定が可能なWebサーバ [プレスリリース]

マイクロバイオームの統合データベースの開発 Development of an integrated database of microbiome data

Metagenome Assembled Genome (MAG)を中心としたマイクロバイオームの統合データベースMicrobiome Datahubを開発しています。JST-NBDCの統合化推進プログラムのサポートを受けて開発を進めており、マイクロバイオームの国際的なデータハブを構築することが目標です。現状、約21万のMAGデータの精度情報・系統情報・遺伝子機能組成情報・環境情報・予測された表現型情報等が検索・閲覧可能です。
We are developing Microbiome Datahub, which is a integrated microbiome database of microbial genomes and metagenomes (including MAGs). Currently, approximately 210,000 MAGs are available for search and browsing, along with associated information on quality, taxonomy, gene functional composition, environment, and predicted phenotypes.

Microbiome Datahub [JST NBDCのプロジェクト紹介ページ]

絶滅動物のAncient DNA解析 Ancient DNA bioinformatics analysis of extinct animals

数百年前から数万年前までの骨などの化石から抽出したDNAを用いたAncient DNA解析を行っております。現在までに、エピオルニスやニホンオオカミ、ヒグマなどを解析し論文を発表しております。分野融合型の研究であり、共同研究を基本に進めています。我々の研究室では主に、Ancient DNAデータを用いたバイオインフォマティクス解析を行なっております。
Ancient DNA analysis of extinct animals, including Aepyornis, Japanese wolf, etc. In our lab, we are mainly conducting the bioinformatics analysis of ancient DNA sequencing data.

[Aepyornis論文] [プレスリリース]
[本州ヒグマ論文] [プレスリリース]
[更新世ニホンオオカミ論文] [プレスリリース]

共生微生物のメタゲノム解析 Metagenomic analysis of insects and plants aiming to elucidate the host-microbe interactions

昆虫や植物等に共生する微生物についての研究を行っています。小規模な実験室も運営しており、野外サンプリングで取得した環境サンプルのDNA抽出やPCR、メタゲノム解析を行い、宿主-微生物間の共生関係の解明を目指して研究を行っております。
We study microbes that live in symbiosis with insects and plants. In our small wet-laboratory, we perform DNA extraction, PCR, and metagenomic analyses on environmental samples collected through fieldwork, aiming to elucidate the symbiotic relationships between hosts and their associated microbes.

様々なプロジェクトにおける情報解析・情報解析支援

文科省科研費の先進ゲノム支援や経産省のNEDO GI基金事業、先端ゲノミクス推進センターのプロジェクトなどで他の研究者と共同研究で情報解析を行っております。解析内容としては、マイクロバイオーム解析や微生物・動物のゲノム解析、RNA-Seq解析、ChIP-Seq解析、シングルセルRNA-seq解析など幅広く行っております。

NEDO Green Innovation基金事業「バイオものづくり技術によるCO2を直接原料としたカーボンリサイクルの推進」プロジェクトのwebページ。主に化学合成独立栄養の原核生物ゲノム・MAG・SAG・RNA-seqデータの情報解析を行っております。
先進ゲノム支援webページ
遺伝研 先端ゲノミクス推進センターwebページ