国立遺伝学研究所 ゲノム多様性研究室

Microbiome Datahub

2022年から開発しているマイクロバイオームの統合データベース。
We are developing Microbiome Datahub, which is a integrated microbiome database of microbial genomes and metagenomes (including MAGs). Still developping.

Microbiome Datahub
[JST NBDCのプロジェクト紹介ページ]

PZLAST

ショットガンメタゲノム相手の高速な配列類似性検索が可能なWebサーバ
PZLAST: an ultra-fast amino acid sequence similarity search server against public metagenomes.

[PZLAST] [Paper] [プレスリリース]

LEA

微生物群集組成から環境を予測するWebサーバ
Latent environment allocation of microbial community data.

[LEA] [Paper] [プレスリリース]

VITCOMIC2

細菌群集のショットガン・アンプリコンの手軽な系統組成推定が可能なWebサーバ
VITCOMIC2 is a visualization tool for the phylogenetic composition of microbial communities based on 16S rRNA gene amplicons and metagenomic shotgun sequencing.

[VITCOMIC2] [Paper] [プレスリリース]

NIG_VRL

遺伝研スパコンで実行可能なSARS-CoV-2のゲノム解析パイプライン
A SARS-CoV-2 genome analysis pipeline that can be used in the NIG supercomputer.

[NIG_VRL] [DDBJの関連webページ]