国立遺伝学研究所 ゲノム多様性研究室

Microbiome Datahub

2022年から開発しているマイクロバイオームの統合データベース。
We are developing Microbiome Datahub, which is a integrated microbiome database of microbial genomes and metagenomes (including MAGs). Currently, approximately 210,000 MAGs are available for search and browsing, along with associated information on quality, taxonomy, gene functional composition, environment, and predicted phenotypes.

Microbiome Datahub
[JST NBDCのプロジェクト紹介ページ]

PZLAST

ショットガンメタゲノム相手の高速な配列類似性検索が可能なWebサーバ
PZLAST: an ultra-fast amino acid sequence similarity search server against public metagenomes.

[PZLAST] [Paper] [プレスリリース]

LEA

微生物群集組成から環境を予測するWebサーバ
Latent environment allocation of microbial community data.

[LEA] [Paper] [プレスリリース]

VITCOMIC2

細菌群集のショットガン・アンプリコンの手軽な系統組成推定が可能なWebサーバ
VITCOMIC2 is a visualization tool for the phylogenetic composition of microbial communities based on 16S rRNA gene amplicons and metagenomic shotgun sequencing.

[VITCOMIC2] [Paper] [プレスリリース]

NIG_VRL

遺伝研スパコンで実行可能なSARS-CoV-2のゲノム解析パイプライン
A SARS-CoV-2 genome analysis pipeline that can be used in the NIG supercomputer.

[NIG_VRL] [DDBJの関連webページ]